蒙古来袭后，日本和元一直没有邦交，但贸易却很兴旺。元末明初，九州和濑户内海延岸的土豪们也大多从事贸易。他们是一种武装的商人集团，在贸易不顺利时往往变成海盗，骚扰中国和朝鲜的沿海地区，中国和朝鲜称之为倭寇。1368年明王朝的朱元璋把元赶到北方，从第二年开始，曾数次向日本派出使者，敦促日本朝贡，要求禁止和镇压倭寇。使者在九州会见了南朝的征西将军怀良亲王，但由于当时日本还不知道元为明所代替，对元仍保持警惕戒备的态度，加上日本正处在南北朝 内乱中等原因，所以谈判没有成功。

1401年，(应永8年)，足利义满命令九州探题禁止倭寇，同时向明派出使者，建立了邦交。于是在1404年达成了所谓的「勘合贸易」，规定以有无勘合符来区别政府和民间的商船。勘合符由明朝中央府的礼部发行，规定每一代皇帝发行100道。日本的勘合船区明时，要携带勘合符去，于明朝方面所持的帝薄验对，吻合则准许贸易，并把用过的勘合符收回。

明朝的皇帝换代时，要交回未使用过的勘合符，领取新发行的勘合符。在整个明朝期间，共发行了永乐，宣德，景泰，成化，弘治，正德6种勘合符。勘合船在中国的宁波接受验证，在北京交易。因是朝贡的形式，不征收关税，连滞留费，搬运费和归国费也由明朝方面负担，所以日本方面的利润很大。

与明朝的邦交形式，对中国来说是传统的外交形式，但在日本当时就有许多人持批判的态度，义满死后，第四代将军义持听从了认为是日本耻辱的一件，中断了与明朝的邦交及贸易，但第六代将军义教于1432年(永享4年)又加以恢复，并借此机会修改了勘合贸易的规定，规定贸易每10年1次，船3只，乘员300人。

当时日明贸易的中心是博多和界。勘合贸易的实权最初是由幕府掌握，后来落到有实力的大名大内氏及于其勾结的博多商人，以及另一个有实力的大名细川氏及其勾结的界商人的手中。最后贸易最终被大内氏独占。1551年(天文20年)大内氏灭亡，勘合贸易也随之断绝。于是倭寇又逐渐开始活动，一直延续到16世纪末才为丰臣秀吉所禁止。

朝鲜在高丽王朝末期遭受倭寇之害尤甚于中国。1392年，李成桂推翻高丽王朝建立了李氏朝鲜。朝鲜也要求日本禁止倭寇，义满同意了这一要求，因而缔交了邦交，采取与勘合贸易同样的形式，进行日朝贸易。不过，在邦交恢复后，倭寇仍然没有停止入侵，朝鲜水军于1419年(应永26年)袭击了被视为倭寇根据地的对马。这次事件被称为「应永之外寇」。由于朝鲜并无侵略的意图，贸易在这事件之后照常进行。但由于日后逐渐缩小了给予居住在三浦(富山浦，乃而浦，盐浦)的日本人的各种特权，对此感到不满的日本人于1510年(永正7年)发起所谓「三浦之乱」的叛乱。叛乱遭到镇压后，日朝贸易开始衰弱。

在日本的文献上可以看到冲绳在7-8世纪以南岛等名称派使者来日本朝见的记载。琉球王国利用当时明朝禁止民间贸易的政策，广泛地展开同日本，朝鲜及东南亚各国的中转贸易，一度获得了很大的发展。但到16世纪中期，随着中转贸易的衰退，琉球王国也衰落了。

1543年(天文12年)，一艘由澳门开往宁波的葡萄牙船，漂流到九州南部的种子岛。这是日本人接触欧洲人的开始。1549年(天文18年)，耶稣会(天主教一个传教团体)的创始人之一方济格来到鹿儿岛，后来拜访了山口的大内义隆和府内的大友义镇，受到他们保护，主要在中国和九州传教。当时的大名都希望能富国强兵，所以贸易的利益有很大吸引力，但对天主教的传教抱着相当警惕的态度。葡萄牙人不能靠近，不准传教的大名的领地，所以鹿二岛的岛津禁止天主教时，就在松浦氏的保护下，转移到平户;10年后松浦氏一度禁止传教，就进入到大村纯忠的领地横濑浦，接着又进入了长崎。