西班牙人于1584年(天正12年)来到平户，参加了对日贸易。

秀吉在完成国内统一后，禁止倭寇等海盗行为，给长崎，京都，界等去海外的商人发一种称作「铢印状」的出国许可证，证明持有这种证件的人不是海盗，保护和奖励了贸易。对待基督教的态度，1587年(天正15年)出兵九州时，发现长崎已变成了耶稣会的领地，以及葡萄牙人把日本人当奴隶输出等事实，于该年6月发布限制信仰基督教的命令，禁止大名信仰基督教，并于第二天发布了驱逐传教士的命令。但仍采取奖励南蛮贸易的方针，强烈要求在印度果阿的葡萄牙政府和在东南亚的西班牙政厅前来朝贡。

1592年(文禄元年)秀吉以九州的名护屋为大本营，派15万大军侵入朝鲜，这称作「文禄之役」。并在1597年(庆长2年)再次向朝鲜派出14万军队，称作「庆长之役」。7年后日本战败，与朝鲜和明朝的关系破裂。

江户时代，家康也禁止基督教，但奖励贸易，努力修复同朝鲜和明朝的关系。1600年，荷兰商船尼腓得号漂流到九州，这是荷兰人到日本的开始。以后荷兰和英国分别于1609年(庆长14年)和1613年(庆长18年)获得准许贸易的「铢印状」。和西班牙的关系自1596年(庆长元年)的圣.腓力号船事件后断绝，但1609年(庆长元年)吕宋前总督东.络德尼哥在回当时的西班牙殖民地墨西哥的途中漂流到上总，家康对他们进行了保护，并于第二年派船送到墨西哥。当时京都的商人田中胜介等人随船同行，家康送去了书信，希望同墨西哥展开贸易。这是日本人首次渡过太平洋去美洲大陆。另外，大名伊达正宗曾派家臣支仓常长去西班牙。常长于1613年(庆长18年)经墨西哥到达欧洲，觐见了西班牙国王和罗马教皇，但要求通商没有成功。

幕府为了掌握生丝的进口，于1604年(庆长9年)设立了「丝割符制度」，打击了葡萄牙人从中国的澳门进口到日本的生丝贸易。家康还积极同吕宋，安南，柬浦寨，泰国等东南亚国家展开邦交活动。

自秀吉侵略朝鲜以来，朝鲜同日本一直处在交战状态下。家康希望同朝鲜恢复邦交，通过对马的大名宗氏进行了交涉，结果朝鲜的使者终于在1607年(庆长2年)来到日本，以后每次将军换代都派来通信使。

琉球自15世纪以来都处在尚氏的统治下，萨摩的岛津为夺取琉球的中转贸易地位，于1609年(庆长14年)占领了琉球。但岛津形式上让琉球独立，使其同明朝继续保持朝贡关系，从而得到了当时日本国内无法获得的明朝物产，赚取了巨大的利益。(哈哈哈哈，不愧是我们岛津啊!)家康也希望能同明朝建交，但明朝仍担心倭寇的问题，没有同意。

1612年(庆长17年)，幕府向其直属领地发出禁止基督教的命令，第二年将禁令推及到全国。幕府还于1616年(元和2年)禁止欧洲的船只在平户和长崎以外的地方入港。1623年(元和9年)英国人和荷兰人竞争失败，撤出平户，以后被禁止来航。1624年(宽永元年)禁止西班牙船只来航。以前规定日本船获得「铢印状」就可以去海外，1633年(宽永10年)加强了限制，规定还需要有称作「老中奉书」的特别许可证才能出航。1635年(宽永12年)限制中国船只能在 长崎停泊，同时禁止去海外的日本人回国。1639年(宽永16年)禁止葡萄牙船来航，又于1641年(宽永18年)把荷兰的商馆迁到长崎的出岛，进行严密的监视。对外贸易限制在长崎一港进行，而且由幕府一手垄断，至此完成了锁国。

在锁国期间，准许同日本贸易的欧洲国家只有和基督教没有关系的荷兰。荷兰把现在的印度尼西亚当作殖民地，以巴达雅亚(雅加达)作为东印度公司的根据地，在长崎设立了分公司。荷兰向幕府保证不传播基督教，商船一到长崎，即由商船船长向幕府提交「荷兰风向书」，报告海外的情况，一直到幕府末年，荷兰始终采取阻挠其他欧洲国家同日本进行贸易的政策。

在中国，明朝于17世纪灭亡，由清朝取代。江户幕府对同清朝建立邦交并不积极，并未建立正式的邦交。

以后日本的外交由于锁国的关系并没有什么大事可以记载的，直到幕府被迫开国为止。(其中有价值的事件是俄国与日本的邦交：1792年(宽政4年)俄国使者拉克斯曼来到根室要求通商;1804年(文化元年)俄国的里扎诺夫来到长崎要求通商，遭到幕府拒绝。俄国船(怀疑是海盗)于1810年(文化7年)在择捉，国后两岛登陆，进行掠夺。针对这种情况，日本方面也于1811年(文化8年)捕捉了来到国后岛的俄国军舰的舰长，接着在第二年又发生了高田屋嘉兵卫在航行途中被俄国军舰绑架等事件。1813年日俄双方互相释放被扣留的人，事件获得解决。以后日本控制了国后的择捉，俄国控制了得抚岛以北，两国之间一直到幕府末年都保持着比较平静的关系。)

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