二是对档案学理论的冲击。“名无固宜，约之以命，约定俗成谓之宜，异于约则谓之不宜”(《荀·正名》)。事物的名称经过群众在长期的社会实践而共同认定或形成，这在许多学科中都是存在的。尽管在上世纪80年代初就有人对“文书档案”和“科技档案”这两个概念的科学性提出过质疑，因是约定俗成的，一直以来仍然被大家遵守和沿用。近几年来，出现了“科技档案”“淡化”和“式微”论，可以说这是缘自《规则》的。因为“淡化”(“式微”)论者认为，“企业档案”概念的出现是“科技档案”概念“淡化”(“式微”)的主因。尽管企业档案并不都是科技档案，科技档案也不是全部产生于企业，但因《规则》提出“企业档案”这一概念而摈弃“科技档案”这一概念，一些人这样认为并不是没有道理的。
四、适用《规则》的企业十分有限
《规则》规定“本规则适用于全国工业企业”，而实际只适用于形成档案多的大型、特大型工业企业，因分类层次多和类目设置过多，中小型工业企业和形成档案不多的大型企业均不适用。规模不大，档案不多的中小型企业如强行实施《规则》，一些类目的档案会寥寥无几，一些类目甚至会空置以待有朝一日有关档案的形成。这不是根据档案的实际情况进行的科学分类。《规则》虽然规定企业可以结合实际增加或减少二级类目，但增减过多以致与《规则》大相径庭，就不是实施《规则》了。其实，《规则》应附《大型工业企业档案分类表》和《中小型工业企业档案分类表》，使之具有广泛适用性。
五、工业企业档案分类过于复杂
档案分类应当尽量简化、实用。然而，《规则》却使工业企业档案分类变得更加复杂了，档案归类更难了。不少企业档案工作人员因不知一些档案该归入哪类而烦恼。档案分类不宜过细，这是因为，在广泛使用电子计算机等现代化工具的大中型企业，即使档案再多，只要进行一定的分类和整理编目，档案管理特别是检索利用已经变成易事;在尚未使用电子计算机等工具的小型企业，由于档案数量少，用手工管理、检索档案也无多大困难，分类复杂，类目过多，反而会使管理和检索变得困难重重。
六、按档案保管期限分类存在弊端
按保管期限分类，便于对档案的保管和鉴定销毁，被档案馆纳入接收范围的企业，还便于档案的移交进馆。按现行《规则》设置档案分类类目，虽然一部分档案实际上已分开了不同保管期限(如会计档案)，但大部分则未分开不同保管期限，如党群工作类、行政管理类、经营管理类和生产技术管理类。按保管期限进行分类，就必须相应减少其他层次的分类，才能避免档案分类层次过多和类目设置过多的问题。如《规则》附表前四类已有属类34个，对中小型工业企业和档案不多的大型工业企业来说已经够多了，若再按保管期限分类，就要设102个类目，实在是太多了。因此，要按档案保管期限分类，应当相应减少其他分类层次。
此外，《规则》中还存在其他一些问题。如前言中说是面向“企业”制定本《规则》，而《规则》名称和各条款又仅限于“工业企业”。《规则》存在的问题，应当通过修改来解决，使之成为科学而实用的工业企业档案分类规范。