疾控档案管理对象的数字化必然要求其管理模式与方法的相应变革。随着现代科技、生产和管理活动的发展，伴随着办公自动化、信息技术应用的不断发展，电子文件、电子疾控档案管理的新课题已经提出。现代信息技术为以电子档案为对象的疾控档案管理工作提供了一个崭新的平台，疾控档案管理工作的模式与方法也发生了巨大的变化。

(1)文件归档的新模式

电子文件的归档模式一种是在单机环境下形成的电子文件，归档是档案载体的归档，其工作模式与纸质文件大致相同;另一种是基于网络环境下形成的电子文件，采取网络移交的方式进行归档，即由计算机网络系统自动完成其积累，形成相应的电子档案数据库，也就是通常所说的“文档一体化”管理模式。文档一体化的实施是通过运用计算机网络技术把各文书处理部门联结起来，各部门起草的电子文件由计算机网络传输到档案部门，档案部门通过计算机主机对信息自动判断，完成从文件起草、管理，到文书自动组卷、同步著录标引、编目、归档等文书处理工作和归档的全部业务工作。

(2)档案移交与接收程序的新模式

网络环境下生成的电子文件则可以随办随归，只要办理完毕就可以完成电子文件的逻辑归档，打破了档案移交和接收的时限，既减轻了机关档案室的工作量，也使档案馆成为真正意义上的信息中心。

(3)档案整理工作新模式

在计算机网络环境下生成的电子档案，其整理工作是通过计算机和网络技术实现对虚拟档案信息的整理，这与传统的以纸质等档案实体为对象的手工整理工作模式相比，发生了巨大的变革。主要体现在以下几个方面：

1)以“件”为单位整理立卷的变革。电子文档是“虚拟”的，电子文档的整理是“非实体”的整理。在整个整理过程中，传统“案卷”的概念在电子文档中已经消亡，传统的手工立卷、组卷、装订等整理方式也将成为历史。

2)“全过程管理模式”。所谓“全过程管理”就是指对电子文件从产生到最终销毁或永久保存进行全过程的监控和管理。在电子文件时代，电子文件从产生到最终销毁或永久保存是一个完整的运动过程，而且各个运动阶段之间的界限不再像纸质文件那样明显、容易区分，这就更加需要对电子文件从生成、运转到保管、利用和销毁的整个生命过程实行实时监控，以确保电子文件的完整性、真实可靠性、安全性和可读性。

3)“前端控制理论”。在网络环境下，电子文件与疾控档案管理的各个工作环节之问界限已变得模糊，疾控档案管理不再是从文件归档转化为档案开始，而是延伸到文件的形成阶段，在电子文件管理系统设计之时就积极介入其中，把电子文件(包括归档电子文件)的管理要求融入系统功能设计之中。 4)整理工作的质量。由于电子文档的整理是在计算机上完成的，其整理质量不再像纸质文档那样仅仅取决于档案整理人员的水平和敬业精神，而是有赖于疾控档案管理软件。因此，电子文档整理时既要设计好分类方案，又要开发出先进科学的疾控档案管理信息系统，从而达到提高整理工作水平的目的。

(4)档案鉴定工作新内容

电子档案内容鉴定的原则、标准和方法与纸质档案大体相同，根据档案内容判定其保存价值，并根据其价值的大小确定不同的保管期限;技术鉴定则是从信息技术的角度对它的可存取性、安全性及生成时的环境条件进行鉴定。主要包括可读性鉴定、病毒鉴定、介质(存储载体)状况鉴定、软硬件环境鉴定，电子档案的鉴定工作将逐渐转变到以技术鉴定为主。

(5)档案库房自动化管理新模式

运用计算机、网络等技术进行档案库房的全新管理模式，即自动化档案库房管理。自动化库房管理主要包括两方面的内容：一是利用疾控档案管理数据库与档案库房建立逻辑关联，由计算机对入库档案和库房设备的有关数据进行分析，随时反映库房情况，例如库房的空间利用情况、库存档案材料的类型、保管状况等;二是由计算机自动调节库房的温湿度、库房供暖、自动控制照明、自动防火、智能报警系统等。

(6)档案保护新思路

电子档案载体的保护，主要是要保证电子档案载体有一个适合于磁、光介质保存的环境，诸如温度的控制要适当，存放载体的柜、架及库房应达到的有关标准的要求，载体应直立排放，满足避光、防尘、防变形等的要求，并远离强磁场和有害气体等要求。由于电子档案载体，特别是磁性载体，一般保存时间为10～20年，因此，必须进行定期检测和拷贝，以确保电子档案信息的可靠性。对于电子档案的检测与维护，要进行严格管理，因为任何一项误操作，都可能使保存的电子档案遭到人为损害，甚至造成无法弥补的损失，所以，必须对电子档案的检测、维护、拷贝等操作过程进行记录，避免发生人为的误操作而造成不必要的重复劳动。

(7)统计工作的自动化

由于电子档案立足于计算机管理，其统计工作变得非常简单，一般的疾控档案管理信息系统都具备自动统计功能，依赖于计算机管理的档案统计工作准确性高、工作量小。

(8)档案利用的网络化