其实，近百年来，1直不乏宗教界人士将进化论与《圣经》加以调和的努力。在这些人看来，造物之初，上帝仅用了A、C、T、G(分别代表基因编码中腺嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶、鸟嘌呤4个基本成份)4个字母，写了封寄给自己的鸡毛信丢在地上，这封信的魔力便在于它能自我复制，这正是生命形式最基本的特征。随着信在复制和传递过程中在所难免的1些小错误的出现，生命便显现出其多样性来。就这样传呀传呀，直至世界的末日，再由上帝收回这封信各种版本的复印件，并对其中的优劣和善恶加以评判。

换1个角度看，这未必不是事实!

然而世事难料，且颇有几分滑稽。几乎就在曾是进化论最坚定的敌人表示妥协的同1时间，知识界内却有人吹响了反对和置疑的号角：

1、化石问题：

既然任何物种的进化都是从其原有物种的基础上逐渐发展演变而来，那么在这1过程中会出现无数个过渡形式。比如，脖子不那么长的长颈鹿、骨骼结构不那么完美的猎豹等等。达尔文本人清楚地意识到这1点，并为当时找不到相应的化石证据而苦恼。在《人类的由来》中他这样写到：“如果找不到这样的证据，我的理论顷刻间便会土崩瓦解。不过我坚信，这样的化石证据在不久的将来能够被找到。”

但是不幸，历经100多年，运用了最先进的科技手段，这种据推断数目1定10分庞大的过渡生物的化石，根本找不到。以至哈佛大学的动物学、地理学教授斯蒂芬·杰·古尔德在1977年这样写到：“出土的化石记录无法为这种进化过程的循序渐进性提供任何佐证。”由此，古尔德提出了“不规则进化”的理论。该理论认为，在5亿7千万年前的寒武纪之初，地球上充斥着单1的生命形式——蓝绿藻，由于另1种以蓝绿藻为食的生物大概是酵母菌的出现，为生命的多样性提供了发展的空间和可能。于是，在短短的1千万年之间，生命的形式以对数增长的模式迅速增加，很快达到S曲线的顶端并保持长时间的稳定。

这便是著名的“寒武纪大爆发”。不同于达尔文的循序渐进式的进化观点，古尔德认为，生物仅将2%的时间用于创造，其余98%的时间则仅用于守成。另外，古尔德另1个更为重要的思想是：当1个生态系统保持稳定之后，生物的进化就将终止。目前，持这种观点的人正逐渐增多。

2、共生理论：

通过不同生物之间的共生来产生新物种，这1思想已经通过托马斯·刘易斯脍炙人口的小书《细胞生命的礼赞》而广为人知。然而，在这1领域做出决定性贡献的却是1位女性—马萨诸塞大学地球科学系教授林恩·马古利斯。她率先系统地提出了“连续内共生理论”，用以解释新物种的产生。例如，在原核生物界(如细菌)，1个细菌吞噬另1个细菌，往往并不是简单的消化，而是与其基因发生整合，从而形成新物种。1个个头大、球形的细菌，有较强的吞噬能力。在吞噬1个细长形的、能够快速运动的细菌后，两者的基因可能发生整合，从而形成1个球形的、长着尾巴的既能移动，又有较强吞噬能力的新细菌。

该理论甫1出台，曾遭受广泛的置疑甚至嘲笑，但林恩·马古利斯用基因测序的方法证实：所有动物细胞内的呼吸器——线粒体——的基因，以及植物细胞内叶绿素的基因，均不同于其宿主的遗传物质，而是来源于细菌。这之后，“连续内共生理论”迅速得到承认并被写进了美国的高中教科书。

目前，仍有不少科学家倾向于把“不同生物通过共生产生新物种”这1途径限制于较低等生物范围之内。但是，多布然斯基做的1个果蝇实验，10分强有力地说明了，高等生物与微生物之间共生关系的改变，对于新物种的产生具有何等重要的意义：在这个受控的实验中，果蝇群体在逐步升高的温度下繁殖，产生了遗传隔离的结果。两年之后，在高温下繁殖的种群不能再与在常温下繁殖的它们原来的兄弟种群产生有生殖能力的后代，就像马和驴产生的后代骡子不具备生育能力1样。经证实，其原因正是前者缺少正常果蝇所具有的1种细胞内共生菌。

与达尔文传统进化论不同，该理论认为新物种是原有生物通过合作而非竞争的方式产生。在所有的“异端”中，林恩·马古利斯的理论已得到最确切的证实，因而对传统进化论产生的冲击也最大。