那么，罪恶从何而来?为什么智慧的上帝没有消除罪恶?早在中世纪，存在着“上帝至美”的观念，尤以奥古斯丁为代表。他认为上帝赋予了事物以和谐和整一，上帝的美和善都是世间万物无法比拟的，“你实在，因为它们存在，但它们的美、善、存在，并不和创造者一样;相形之下，它们并不美，并不善，并不存在”。奥古斯丁以神学美学的“和谐论”领域来解决神义与罪恶的矛盾关系的问题，他认为尘世的一切事物都是相对的、有限的、杂多的，“世界美存在于对立事物的对比中”(塔塔科维兹语)，局部的残缺恰巧能衬托出世界的整体的和谐之美，以此来解释罪恶存在的合理性;另一方面，他又提出罪恶的根源在于人对上帝所赋予的自由意志的滥用，并继续沿用基督的原罪说来加以解释。

可见，奥古斯丁对残缺、罪恶的肯定，归根结底还是引领世人对上帝更加的虔诚的崇拜。他的和谐美传统一直影响到is世纪，并且深刻影响了卢梭。卢梭认为，宇宙是和谐的，“没有先入之见的眼睛难道还看不出显然存在的宇宙秩序表达了至高的智慧?任你怎样诡辩，也不能使人们看不出万物的和谐，也不能使人们看不出每一个部分为了保存其他部分而进行的紧密配合”，宇宙的自然现象之间有着合理的秩序，遵循必然的因果规律，而另外的表面上的“偶然事件”是由某种不知晓的规则所控制的。这种思想被启蒙运动思想家们指责为“冷漠的乐观主义”，只为了形式的和谐而无视个体的生存体验。

对此，卢梭反驳说:“如果罪恶起源的难题迫使你不得不舍弃上帝的某种伟力，你为什么要以牺牲他的不平等为代价辩护他的全能呢?如果必须要在这两种错误中做出选择的话，我宁可要前者。面对善与全能，卢梭宁肯牺牲后者也要捍卫上帝的善良悲悯。他认为在生活中，只要是爱秩序的就可以称之为“善”，进一步来说，只要是保护秩序就可以称之为“正义”，“对他(上帝)而言，创造、保护、维持所以能思考和感觉的存在的宇宙秩序比这些存在中的一个要珍贵的多;因此，尽管他充满悲悯，或者说正是因为他的悲悯，他会牺牲个体的一部分幸福以保护整体”。上帝对秩序的保护体现了他的“正义”，对整体幸福的悲悯体现了他的“善”。只要宇宙整体是善的，那么作为偶然现象的形而下的罪恶都是可以忽略的，对于整体而言，一切都是合理的。同样关注着人的生存，如果启蒙哲学家们是直面残酷的现实人生，而卢梭则选择虔诚地守望着上帝。

三、天良信仰:开启自然宗教之门

与当时哲学家们执拗于上帝的善恶和有无的批判不同的是，卢梭认为社会中形而下的罪恶产生的根本原因在于人自身，是人偏离了本性，滥用了自由意志，“人啊，别再问是谁作的恶了，作恶的人就是你自己”。人是具有自由意志的，并且这种自由是“无法解释的实体”上帝所赐予的，由此卢梭也推导出了他的第三个宗教信条:“凡是真正的意志便不能不具有自由。因此，人在他的行动中是自由的，而且在自由行动中是受到一种无形的实体的刺激的，这是我的第三个信条，上帝并不是赋予人以自由意志后就算了事，同时他还使人具有了正确使用自由的品质;理性教给人如何判断，良心引导理性永远向善。

在人类还未订立社会契约的自然状态之时，人类的行为免不了盲目、任意，为了使人的行为同时与“外在自然”和“内在自然”保持协调，卢梭又引人了他的宗教体系中的一个重要概念:良心。它是人天然的内在情感，顺从人的自然秩序，是通过感觉而不是理智的推论来指导人的行为。卡西尔认为:“认为启蒙时代的基本精神是反宗教和敌视宗教，这一点值得怀疑。因为这种观点恰恰有忽视这一时代最高的积极成就的危险。……启蒙运动的最强有力的精神力量不在于它摒弃信仰，而在于它宣告的新信仰形式，在于它包含的新宗教形式。这里所提到的“新信仰形式”不仅指启蒙运动中的对理性的狂热崇拜，而且还包括卢梭所开创的自然情感信仰。

卢梭对传统天主教的批判既没有走上无神论，也没有驻足于基督神论。可以说，他提倡的是一种“自然宗教”，与当时的自然神论者也不同，并不是从理论知识出发来为宗教寻找合理的依据，以至人必须借助于自然才能走向上帝，而卢梭的“自然”并不是外在的物质世界，而是人的内心的“内在自然”，指的是人的情感和意志。“良心啊!良心!你是圣洁的本能，永不消失的天国的声音。是你在妥妥当当地引导一个虽然是蒙昧无知然而是聪明和自由的人，是你在不差不错地判断善恶，使人形同上帝!是你使人的天性善良和行为合乎道德。没有你，我就感觉不到我身上有优于禽兽的地方;没有你，我就只能按我没有条理的见解和没有准绳的理智可悲地做了一桩错事又做一桩错事。

理性的概念在卢梭这里就由推论的理性而演变为实践理性，通过良心来沟通上帝与人之间的关系。良心具有天生的正义感，是神的化身，作为联结人和神的纽带，这样人就无需借助自然而通往上帝，上帝自然地就存在于人的本性之中。卢梭宗教神学中的鲜明道德色彩，深深地影响到了康德。卡西尔说过:“卢梭像康德一样确信，认识上帝的惟一道路便是通过天良的指引，这是一切宗教真理的关键所在。惟一既能容许又能认识的神学，乃是道德神学，……真正的宗教并不囊括理智的概念，而只包含行动的戒命。当然，卢梭强调的是情感的恻隐之心，而康德更看重的是对道德义务的敬重之情。

神已经赋予了人天生的道德正义感，如果还是出现理性被滥用的现象，那只能说是人的欲望冲动压过了天良的呼声，是人对自由意志不尊重的结果，这也已经超出上帝的责任范围了。在卢梭看来，上帝决不希望人滥用他赋予人的自由去做坏事，但是他并不阻止人去做坏事，原因一方面在于人在自身能力之内所做的坏事在上帝看来并不足以构成大的威胁，同时也在于，上帝是十分尊重人的自由与本性的，“他要阻止的话，就不能不妨碍人的自由，就不能不因为损害人的天性而做出更大的坏事”所以这也并非像启蒙哲学家所说的上帝是不存在的，而上帝对人的自由意志的尊重却证明了他的存在，并体现了自身的善与正义。