对康德而言，如果我们采取“反思的判断力”的观点，我们就可以设想万物不可能由盲目的偶然性产生，并假设有一个比人类更高的理性(上帝)，他具有直观的知性，能够根据机械规律解释一切，但我们却做不到。(在这种眼光看来，我们必须假定上帝那里，一切才都是必然被决定的。在上帝眼中，没有偶然。)在机械论自然观占主流的情形下，康德提出了目的论自然观。但是康德的自然目的论与前面提到的亚里士多德的自然目的论绝不是一回事。在康德看来，目的性的概念表示一种原因的主体与其结果的关系，但是我们不应当用超自然的原因来解释这种因果关系，因为这样的话，目的性概念就超越于人类的理解之上，变得神秘而遥不可及。康德对于带有物活论倾向和有神论色彩的亚里士多德的目的论的批判表明把目的性的概念直接运用来规定有机的自然世界的做法是不合理的，自然的目的性只是合乎人类主体的合目的性，只是一种主观“反思判断力”而已。

一名机械主义者不可能询问事物是为了什么但如果我们是以目的性的方式来思考，那么不去思考一个终极的目的都是不可能的。那么康德自然目的论观点是否与牛顿力学所代表的机械性思维方式相违背呢?为此，在自然统一性问题上康德提出了有关机械论与目的论的二律背反命题：

“命题：物质的东西的一切产生都是按照单纯机械规律而可能的。反命题：它们的有些产生按照单纯机械的规律是不可能的。”

在康德看来，这对表面上看起来相互矛盾的二律背反的命题其实并不矛盾。这两个命题表面上看之所以矛盾是因为把这两个原则视作知性概念的规定性判断原则，而没有看到目的论原则作为主观反思性判断的特点。我们可以把机械因果性归结为规定的判断力，而把自然目的性归结为反思的判断力。所以，如果我们正确地看待目的论原则，则不仅不会与机械论原则矛盾，而且还可以当作机械论原则在使用过程中的有效补充。

况且，机械论原则贯彻到底，往往会得出一种外在的第一推动力，牛顿的做法就是典型的例子。与休谟一样，康德反对超自然的理陛实体，因为神学不应该插足自然哲学。当涉及有机物和作为整体的自然时，就必须在机械论之外引进目的论作为辅助原则了，从而达到对自然最为高度统一的表象。“这种表象决不表明我们对自然总体有了一个知性的概念规定，而只是用来使我们的知性与原理达到主观协调活动的一种反思判断，它表明的毋宁说是主体的人的道德性质。”康德就要为自然本身的目的论寻求自然本身的根据，从而严格地将目的论限制于人的世界。　我们看到，与浪漫主义对自然科学的排斥不同，莱布尼兹、康德哲学中调和了机械论的目的论体现了他们对自然科学的认可和合理定位。启蒙运动之后，目的论中的终极目标不再是一个静止的、外在的客体，而是一种建立在过程中的内在的理念。这时的目的论不仅仅是在自然哲学中与机械论对立的那种思维方式或本体论模式，目的论的触角已延伸至哲学家们的整个哲学体系，目的论已成为哲学体系建构过程的方法论的指导原则以及这种哲学体系的价值取向。在目的论思想深化的这种契机中，外在目的论与内在目的论的区分对于目的论思想本身来说是尤为重要的。它深化了目的论的层次，赋予了目的论思想新的生命。如果说莱布尼兹的目的论思想基本上是外在目的论，那么康德哲学的目的论则是内在目的论。康德通过批判唯理论的外在目的论走向内在目的论，并在“人是目的”的总的原则下由内在自然目的论走向道德目的论，后者是对前者的补充，道德目的论也是康德整个哲学的皈依。

众所周知，通过纯粹理性批判，康德回答了人可以知道什么;通过实践理性批判，康德回答了人可以做什么、可以希望什么;但这两大批判的完成使得康德将自然界的必然与道德实践的自由对立起来，而这两者的统一性又不具有理论上的可能性。然而这两者的统一却是可以设想的。“康德认为，既然人本身是自然的存在同时又是超感性的存在，是现象同时又是自在之物，这里就有了一个把两个世界结合起来的立足点。……所以康德认为，合目的性问题可能是解决自然界与自由统一的关键。”在康德看来，我们对审美经验、有机体、作为整体的自然、历史进行的判断是一种合目的性判断。这种判断力既不是通过数学性、机械性的分析而获得理论知识的知性的力量，也不足采取道德行动之无条件命令的那种理性的力量。这种判断力所主张的既不是科学的必然性也不是形而上学的深刻洞见。但正因为我们人类具有反思性的合目的判断，可以将理论理性和实践理性连接起来，我们人才成为完整的生命。所以通过判断力批判的建立，康德试图回答最后的问题：人是什么?

在知识论中我们可以对现象进行理论的把握，但理论知识只是认识，而生活除了认识之外还有着宽广的领域，我们并不是生活在理论中。所以除了理论理性之外，还有审美和道德。在审美里，不再有那种先验的必然性的理性，这里的“理性”(仍有某种意义上的先天的东西可寻)是作为寻求一种不确定的只起调节作用的“理性概念”，只是在感性的层面提供一种不确定的“秩序”。审美判断并不是从一般到个别的依照原理的求证，而是从个别到一般的“于‘混沌’中见‘秩序’，于‘现象’中见‘本质’，于‘必然’中见‘自由”’。审美——趣味判断体现了合目的的一般原则，而当我们以审美的眼光观察自然，把自然也当作艺术作品时，就得出了前面已经论述过的自然目的论。正如叶秀山写道的：“然则，我们如果反过来以同样的态度‘看“自然’，在那复杂纷繁的现象中，仍有某种秩序“在’，在那流逝的时间中，有那神圣持久的力量在，在那‘铁箍’一样的‘因果律’中，跳动着‘自由’的‘生命’。‘自然’本身——‘事物本身’原本也是那样‘巧夺天工’。无论那崇山峻岭·，那潺潺小溪，夏日炎炎，秋虫唧唧，无不显示自然之‘造化’，似乎在冥冥之中早有‘安排’。‘自然’的‘机巧’与‘理性’的‘机巧’原是‘异曲同工’。”)