进入大殿后的宽敞天井，空地上有一座三层铜制宝鼎和一对石灯台。广场周围建筑都是两层楼阁，东西两厢的楼上东边是专供海外女宾来寺院时的四套客房，按春夏秋冬季节特点布置有明式床寝家具，但配有现代化的卫生设备。西楼上是沉香阁常住比丘尼们的寮房。楼下东庑是客堂，千手观音殿和伽蓝殿，伽蓝殿内供有一尊明代木雕伽蓝神关羽像。西庑是祖堂，祖堂内供着沉香阁(慈云禅院)历代祖师莲位，和1943年起即卓锡于此、并一生弘扬《华严经》的“华严座主”应慈法师的莲位。
天井正面的建筑，可以说是全国独特的。从庭院向上看，正中四根立柱架起一重飞檐，檐上一个悬空亭阁，东南西全部落地窗。这就是全国闻名的沉香阁的阁，赵朴初居士为之题额为“南海飞渡沉香大士宝阁”。登两侧的楼梯而上，立即可闻到芳香馥郁，到此方是真正的沉香阁。虽然名称为阁，实际上，阁只是凸出向外的十乎方的小阁，放几把明式单背的椅子和高脚花几而已。
阁的后面的就是一个观音殿，上面张挂着绣有“南海宝筏飞渡沉香大士”的欢门和四条风幡。正面一个大佛龛，龛前一张明式楠木大供桌，明黄色瓷五供具，恰到好处地陈列在供桌上，二尺高的缕空香炉内，飘出缕缕檀香味。佛龛两侧有铜制伽蓝神和两童子像。佛完内供的就是沉香观音。这尊沉香观音，又名如意观音。观音呈坐像，原高三尺，是用特别名贵的沉香木雕就，故而得名。屈右足于坐上，右肘倚于右膝上，左手支撑于座上，头微右侧，作凝思状，花冠缨络，庄严慈祥。传说，据《隋书》记载，隋大业四年(608)，隋炀帝派大臣常骏出使南方国家，赐赠中国工艺品等礼品，赤土国回赠沉香观音一尊，常骏回到长安，正值隋炀帝巡游扬州，常骏等从淮河乘船赶往扬州，途上遇风翻船，沉音观音沉落淮河。直至明代潘允端发现后，奉回上海，建阁供于此处。据说原来每逢雨天，沉音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。
现在的沉香观音，是由沉香阁住持观性法师1990年专程去泰国，从泰国募集到一段极其珍贵的真正的沉香木，价值一万多美元。运回上海，配以上等檀香木，照原样放大重雕而成，其神态和工艺水平，不逊于原像。阁的楼下为慈云堂，里面装修、布置简洁古雅，正中北壁一长几、一八仙桌、两张靠椅，两侧各四张靠椅，居上空地一张园拼桌，四个鼓形园凳。全部明式红木所制，无桌围椅披，高雅而有气度;所有摆设，不过是左右各一座黄梨木独幅屏风，红木长几上一大理石插屏和一对花瓶而已。正面壁上一幅彩描观音中堂和两副对联，分别由赵朴初居士和真禅法师所撰书：
赵朴初所撰为：
花海沉思洞明自性;
旃檀香风恒可众心。
真禅法师所撰为：
无我无人观自在;
非色非空见如来。
慈云堂西面是贵宾接待室。东面是方丈室，现沉香阁住持为观性法师。观性法师，现已85岁高龄，现任中国佛教协会常务理事，上海市佛教协会副会长，曾任南市区人民代表、区政协委员，又兼慈修居住持。由她带领这两个比丘尼道场的六七十比丘尼和二十多位佛学院尼众班学尼熏休修持。沉香阁东北部重建了一幢明式建筑的小楼，现为“应慈法师纪念堂”，堂额为赵朴初居士所题。底层是一个小法堂，二、三楼陈列着反映应慈法师生前弘法利生事业的珍贵照片、著作、手迹和遗物。
二楼堂中应慈法师遗像两侧，真禅法师为其亲教师所书对联：
霞月宗风不坠佛海圆融曾讲三译华严冗称教主;
永怀无私慧照幸侍师门灵山盛会依然一真法界。
应慈法师(1882一一1965)，俗姓余，安徽歙县人。一生以弘扬华严宗为宗旨，自号“华严座主”，晚年又起别号“拈花老人”。16岁依普陀山明性禅师出家，1900年依宁波天童寺寄禅法师受具足戒，先后参镇江金山寺大定1扬州高旻寺月朗常州天宁寺冶开、扬州宝轮寺月霞法师等高僧。1906年与月霞等同得法于冶开法师，成为临济宗第四十二世，法号为显亲。以后随月霞法师讲经、办僧教育。1917年任常熟兴福寺方丈。同年末，月霞法师圆寂时，嘱应慈法师：“善弘华严，莫作方丈。”次年春，应慈法师即辞住持与持松，自任监院。此后，终身以弘法讲经为己任。1943年起移锡慈云禅院(原为比丘道场，即现沉香阁)，二十年间多次讲三十(卷本)《华严经》、四十《华严》、六十《华严》和八十《华严》。建国以后，自1953年起任中国佛教协会常务理事，1954年任上海市佛教协会名誉会长，1957直任中国佛教协会副会长，1962年任中国佛教协会名誉会长。1954年被选为上海市第一届人民代表，一直连任至1965年圆寂于沉香阁。应慈法师在遗嘱中，希望“后辈弟子及学人在共产党的正确领导下努力学习，加强改造，拥护政府政策法令，积极为社会主义建设事业，贡献自己的力量。至要至要。”
沉香阁的东部，建有一幢综合楼。楼下是能供二三百人用餐的斋堂，在佛教节日和香期中，为佛教信徒们供应有广东风味的素斋。在二楼上，还设有一个小巧精致的餐厅，古色古香，装饰有贴金的宝相花图案。尤其是一幅精美的壁塑，按河南巩县石刻原样复制的北魏“帝王礼佛图”，更显得古雅庄重。这个餐厅在上海佛教寺院，甚至大宾舍馆中，也可称得上第一流的。楼上是上海佛学院尼众班的教室和学尼们的案房，每庙都有二十多位学尼，来自全国各地。现在已招收第四届学员。以前毕业的学员都已受过具足戒，并分配在本市的各个尼庵中或佛学院中，担任着重要的执事和教师，成为一代新的比丘尼接班人。
上海沉香阁，以其古雅，以沉香观音，闻名于海内外。它又处在上海市市中心的旅游胜地，与老城隍庙和豫园的邻近，吸引着无数的海内外佛教信徒和游客，为上海市的繁荣兴旺，作出了它应有的贡献。
修复后的沉香阁为上海最大的比丘尼丛林。沉香阁住持观性法师。1992年10月15日，沉香阁修缮一新，隆重举行观音像开光，观性法师升座典礼。1994年8月14日上午，礼请中国佛教协会副会长、龙华古寺方丈明旸法师主持并隆重举行了全堂佛像开光仪式。上海佛教信徒以及来自江苏、浙江、广东等地的诸山长老800余人参加了佛像开光典礼，新加坡、香港、台湾等地的法师和信众专程来沪庆贺开光盛典，中国佛教协会赵朴初会长为此次活动发来了贺电。1992年沉香阁被列为上海市重点文物保护单位，1994年又被列为全国重点文物保护单位。
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