弗洛伊德的这一观点起始于他1894~1895年所写的手稿《科学心理学之规划》，从中可以发现通向科学心理学的生理学道路。当时，弗洛伊德为两个目标所苦恼：第一是检验，如果有人引进定量的思考，那么心理机能的理论会是什么形态;第二是如何从精神病理学中汲取一些可为科学心理学所利用的东西。在该手稿中，弗洛伊德阐释了他的意图：“建立一门属于自然科学的心理学，把人的心理过程看作是可用物质微粒来说明的量化决定状态。”为此，他发展了关于心灵和行为的普遍理论，使用的完全是生理学的和量化的术语。
例如，动机被描述为神经元之间的间隙处(现称突触)引起紧张的结果，这种紧张使人感到不快，跨越间隙，紧张最终得以释放;记忆被解释为神经元间隙处渗透性(现称突触强度)的改变，这是连接着的神经元重复兴奋的结果。用相似的量化神经病学方法，弗洛伊德解释了从妄想到认知的全部“心理机能”。 继那部手稿以后，弗洛伊德开始从事自我分析。借助这种方法，他发现了出现在心理无意识中的行为和心理事件的原因，并区分了“真性神经症”和“心理神经症”。前者是真正躯体病症，由“某种神经病毒增加或减少所引起”;后者包括歇斯底里，是由“心因性的或依靠无意识观念的情绪作用所引起”的。
随着自我分析方法的运用，弗洛伊德开始从机械生理学解释转向进化生物学解释。那时的大多数科学家，包括冯特，接受了德国达尔文主义先驱E.海克尔的“生源定律”。根据“生源定律”，个体的发生重演了种族发生，也就是说，“任何生物的胚胎是对它的种系发生道路的重复”。由此，一个人类胎儿经历了两栖阶段、爬行阶段、简单的哺乳阶段等等，直到他形成人的雏形。于是，弗洛伊德把“生源定律”扩展至心理发展，作为其研究性心理发展阶段的方法论基础。
2、无意识概念的演变。无意识概念是不能为传统的意识心理学家所接受的。在这些心理学家看来，心理科学是意识的科学。例如，弗洛伊德的导师F.布伦塔诺就坚持拒绝无意识概念。W.詹姆斯赞同布伦塔诺的观点，认为假设无意识的存在有着科学上的危险性。由于界定上的无意识是无法观察到的，因此它很容易成为一种实用的工具，借此构造无法测量的理论。
然而，弗洛伊德却坚持无意识的概念，并把无意识的理论视作“精神分析研究的顶峰”。