他在发刊词首次提出“三民主义”学说，即“民族、民权、民生”，与梁启超、康有为等改良派激烈论战。继而编定“同盟会革命方略”，正式宣示进行国民革命，举所誓之四纲，力图创立“中华民国”，并定“军法之治，约法之治、宪法之治”三程序。

1907年，日本政府受清廷压力，以一万五千元请孙中山离开日本。孙中山收款后，于3月离开日本。由于此事未经同盟会内部商议，于是引起会内分裂。孙中山赴南洋后，在胡汉民、汪精卫等支持下，在南洋另成立同盟会总部。自1907年7月至1911年，孙中山多次授命其他革命同志，在全国各地发动起义(见“起义年表”)，甚至经越南亲赴广西主持镇南关起义，最终被法国当局拒绝入境，一直至辛亥革命成功以后，才再度踏足中国国土。

1909年至1911年期间，孙中山大部份时间花在旅途之上，多次在各国华侨、留学生中筹划革命经费及外国政府支持，然而所得极为有限。与此同时，同盟会及其周边组织快速扩张规模，并于1910年1月，成立同盟会美洲地区总会，期望能吸收更多海外华侨参与革命。直至1911年10月10日(农历八月十九日)的武昌起义，革命才取得第一次成功，武汉当日光复，各省同志纷纷响应。

据统计，自1894年到1911年之间发动的革命起义事件计有29次之多，其实1911年的武昌起义是共进会与湖北新军革命团体文学社共同策划的，甚至只是一次偶然的擦枪走火事件。据《凤凰周刊》报道，当时的孙中山还在美国科罗拉多州的典华城(今译丹佛)打工，因此并不知情，所以用孙中山的话来说：“武昌之功，乃成于意外。”[1]

附：起义年表

起义名称年代起义经过

1第一次广州起义1895年孙中山率领郑士良、陆皓东等人，准备袭取广州。

但是事机泄漏，清政府展开搜捕，陆皓东被捕牺牲。

2惠州起义1900年10月8日孙中山命郑士良等人于惠州三洲田

(今深圳市盐田区三洲田村一带)发动起义。

3潮州黄冈起义1907年5月命余丑起义于潮州黄冈，历六日而败。

4安庆起义1907年7月6日，徐锡麟在安庆起义，后失败殉难。

5七女湖起义1907年9月命邓子瑜起义于惠州七女湖(今惠州市汝湖镇)，

十余日后起义失败。