由于凭证式国债债权的记录和管理分散在各承销机构的基层营业网点，没有统一的发行及债权托管系统， 详细内容请看下文我国储蓄国债的问题和对策。

客观上形成了投资人和承销机构，承销机构和财政部之间的双重债务关系。这种双重债务关系已成为产生凭证式国债发行及管理方式中深层次问题的重要原因。主要表现在以下几个方面超发风险。由于凭证式国债债权由各承销机构自行管理，在法律地位上承销机构集“准发行者”和“债权托管者”职能于一身，债权的记录分散在各机构网点且大部分采取手工方式。因此，超发凭证式国债，借国债信誉违规筹资不仅成本低、便于操作，而且难以被发现，监管的难度很大。特别是凭证式国债承销银行中的绝大多数是中小银行，他们资金实力不足、资金质量和管理水平参差不齐，不仅违规超发的可能性更大，而且难以承担超发后果。在现阶段社会资金较为宽松、投资需求较弱的条件下，承销银行违规筹资的内在动力不足，超发的可能性较小，但不能排除当经济趋热、社会资金趋紧时，个别承销机构借超发凭证式国债违规筹资的可能。一旦大量发生，不仅会使国家债务规模失控，更重要的是还会破坏金融秩序，形成金融风险和国债信誉危机。

目前，我国凭证式国债的承销是由以国有商业银行为主体，股份制商业银行和部分城市商业银行及邮政储汇系统为辅的40家国债承销机构负责的。在数量认购、发行和缴款方式上实际是包销，而销售剩余的凭证式国债要由承销机构被迫持有。这种发行方法的实质是政府向各承销机构摊派发行，若发行不畅，就造成了政府向各承销机构直接融资，承销机构替财政部承担了发行风险。

由于凭证式国债存在双重债务关系，且债权的记录分散在承销机构的基层网点，财政部无法准确知道各机构提前兑取量和需要支付的兑付资金数量，因此，现行凭证式国债发行办法规定，投资者提前兑取至国债到期的资金由承销银行自行垫付。1996年以来，市场利率呈单边下行走势，投资者提前兑取凭证式国债的情况很少，但在目前利率已近低谷、预期未来利率将震荡上行的情况下，商业银行承担着投资者大量提前兑取占压资金的潜在风险。如果提前兑取数量过大，还有可能进一步影响商业银行的资产质量及资金的流动性，进而影响商业银行的支付能力诱发金融风险。

其次，凭证式储蓄国债在品种设计上存在不足我国凭证式储蓄国债的期限过短。理论分析和国外实践表明，储蓄国债期限应该较长。美国和加拿大储蓄国债发行期限最短为10年最长达30年。目前我国凭证式国债期限一般在 1—5年之间，这是因为凭证式国债提前兑取资金要由承销银行自行垫付，较长的发行期限会加大承销机构承担的提前兑取压力。这不仅使凭证式国债发行期限过短，难以满足投资者的储蓄需要。同时，由于凭证式国债发行数量较大，中短期国债发行额度绝大部分被凭证式国债占用，记账式可流通国债只能发行长期品种，致使记账式国债期限过长流动性下降。因此，凭证式国债期限过短是我国国债品种期限结构不合理的重要原因之一。