后香港终审法院应入境事务处处长的申请，对于判决作了如下澄清，“我等在1999年1月29日的判词中，并没有质疑人大常委会根据第158条所具有解释基本法的权力，及如果人大常委会对基本法作出解释时，特区法院必须要以此为依归"我等接受这个解释权是不能质疑的。我等在判词中，也没有质疑全国人大及其常委会依据基本法的条文和基本法所规定的程序行使任何权力。我等亦接受这个权力是不能质疑的。。
　　然而，一些学者认为，终审法院的澄清实际上并没有撤回原裁决中那些有关宪法管辖权的清晰的主张，而人大常委会也不会被所谓的“澄清”所欺骗。尽管如此，中央仍然对终审法院的补充判词表示欢迎，一场可能的“宪政危机”暂时得到了缓解。
　　2基本法解释程序问题
　　香港基本法第一百五十八条第三款就基本法的解释程序作了相关说明，“香港特别行政区法院在审理案件时需要对本法关于中央人民政府管理的事务或中央和香港特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，在对该案件作出不可上诉的终局判决前，应由香港特别行政区终审法院请全国人民代表大会常务委员会对有关条款作出解释。”根据该条款，我们可以看出，提请解释的主体因为香港终审法院，提请解释的条件是需要对本法关于中央人民政府管理的事务或中央和香港特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，提请解释的时机是作出不可上诉的终局判决前。
　　回顾三次基本法解释，我们可以发现三次释法的程序并非是按照上述法律规定进行的。第一次与第三次释法程序类似，都是由香港特别行政区请求国务院协助，国务院接受请求后，正式以提案的形式向全国人大常委会提出申请。全国人大常委会按照香港基本法第一百五十八条第四款的规定，征询了下属全国人大常委会香港特别行政区基本法委员会的意见，然后对香港基本法的有关内容作出立法解释。第二次释法过程，由委员长会议根据部分全国人大代表的意见，提出了基本法草案，依照香港基本法规定，征询了全国人大常委会香港特别行政区基本法委员会的意见，并听取了香港特别行政区政府政制发展专责小组汇集的香港各界对政制发展问题的咨询意见和专责小组的意见，听取了香港特别行政区全国人大代表、全国政协常委的意见。对基本法附件的有关规定，作出了解释。
　　对于基本法解释程序上的争议主要聚焦于两点上：其一，香港特别行政区是否可以成为提请全国人大常委会解释基本法的主体；其二，全国人大常委会在什么情况下可以主动释法。
　　二、基本法解释权冲突之原因探讨
　　1.法律解释体制不同
　　在中国，根据现行宪法规定，全国人民代表大会是最高国家权力机关，行使国家立法权，全国人大常委会作为其常设机关，行使解释宪法和法律的权力。法律解释权授予立法机关，其背后的法治理念是，当法律条文的含义不清楚

时，应当有一个权威的机构出面进一步说明立法的原意，而最了解立法原意的机构当然是制定法律的机关，所以最好的法律解释应该是立法机关自己所做的解释。③同时，这样的规定也体现了社会主义国家议会至上的宪制传统。当然，在普通法看来，这样的规定未必妥当，因为由同一个机构审查和解释自己的行为是否符合宪法是不可靠的，也不符合权力分立和制衡原则。