进口直通放行流程：
1.申请直通放行的企业向所在地检验检疫机构提出申请。企业所在地直属检验检疫机构进行审核批准后，报国家质检总局备案，并统一公布。
2.对在口岸报关的进口货物，报检人选择直通放行的，在口岸检验检疫机构申领《入境货物通关单》(四联单)，货物通关后直运至目的地，由目的地检验检疫机构实施检验检疫。口岸检验检疫机构经国家质检总局电子通关单数据交换平台向海关发送通关单电子数据，同时通过“入境货物口岸内地联合执法系统”将通关单电子数据以及报检及放行等信息发送至目的地检验检疫机构。通关单备注栏应加注“直通放行货物”字样并注明集装箱号。
3.对在目的地报关的进口货物，报检人选择直通放行的，直接向目的地检验检疫机构报检。目的地检验检疫机构在受理报检后，签发《入境货物通关单》(三联单)。目的地检验检疫机构经国家质检总局电子通关单数据交换平台向海关发送通关单电子数据的同时，通过“入境货物口岸内地联合执法系统”将通关单电子数据、报检及放行等信息发送至人境口岸检验检疫机构。通关单备注栏应加注“直通放行货物”字样并注明集装箱号。
4.集装箱加施封识的，应将加施封识的信息通过“入境货物口岸内地联合执法系统”发送至目的地检验检疫机构。
5.进口直通放行的货物，报检人应在目的地检验检疫机构指定的地点接受检验检疫。
6.货物经检验检疫不合格且无有效检疫处理或技术处理方法的，由目的地检验检疫机构监督实施销毁或作退货处理。
7.进口直通放行货物的检验检疫费由实施检验检疫的目的地检验检疫机构收取。
绿色通道的含义：
绿色通道制度是指对于诚信度高、产品质量保障体系健全、质量稳定、具有较大出口规模的生产、经营企业(含高新技术企业、加工贸易企业)，经国家质检总局审查核准，对其符合条件的出口货物实行产地检验检疫合格，口岸检验检疫免于查验的放行管理模式。实施绿色通道制度的企业应具备的条件：
1.具有良好信誉，诚信度高，年出口额500万美元以上;
2.已实施IS09000质量管理体系，获得相关机构颁发的生产企业质量体系评审合格证书;
3.出口货物质量长期稳定，2年内未发生过进口国质量索赔和争议;
4.1年内无违规报检行为;2年内未受过检验检疫机构行政处罚;
5.根据国家质检总局有关规定实施生产企业分类管理的，应当属于一类或者二类企业;
6.法律法规及双边协议规定必须使用原产地标记的，应当获得原产地标记注册;
7.国家质检总局规定的其他条件
绿色通道制度出口货物放行流程：
1.报检信息审核：实施绿色通道制度的自营出口企业，报检单位、发货人、生产企业必须一致;实施绿色通道制度的经营性企业，报检单位、发货人必须一致，其经营的出口货物必须由获准实施绿色通道制度生产的企业生产;
2.产地检验检疫机构对符合实施绿色通道制度条件的出口货物，检验检疫合格的以电子转单方式向口岸检验检疫机构发送通关数据;
3.对于实施绿色通道制度的企业，口岸检验检疫机构审查电子转单数据中的相关信息，审查无误的，不需查验直接签发《出境货物通关单》;
4.实施绿色制度的企业在口岸对有关申报内容进行更改的，口岸检验检疫机构不再按绿色通道制度的规定予以放行。